БНМАУ-ын бага хурлын тэргүүлэгчдын 1941 оны 12-р сарын 11-ны өдрийн 81-р тогтоолоор Дундговь аймаг байгуулагдахад Төв, Дорноговь, Өмнөговь аймгаас тасарч 120.0 мянган га нутаг дэвсгэрт 18 сум, 24.0 мянган хүн амтай “Шарангад аймаг” нэртэй байгуулагдсан түүхтэй. Дундговь аймгийн тухайн үеийн анхны 12 албан газрын нэг нь Мал эмнэлгийн тасаг байсан.1944-1954 онд МАА хэлтсийн зоо-мал эмнэлгийн тасаг, 1962 онд аймгийн Ардын депутатын хурлын Гүцэтгэх захиргааны Хөдөө аж ахуйн хэлтсийг өргөтгөн ХААУГазар багуулсан. 1967 онд хуралдсан МАХН-ын төв хорооны 3-р бүгд хурлын шийдвэрийн дагуу 11 дүгээр сарын 27 өдөр аймгийн ХАА нэгдлийн зөвлөлийг 2 хэлтэс 25 хүний орон тоотойгоор батлан ажиллуулж эхэлсэн. Аймгийн ХААУГ-ын удирдлагаар тухайн үед Чимидцэрэн, Дэжидбал, Д.Дашзэвгэ, Ө.Дашдаваа, Цэнд-Аюуш, Д.Батмөнх нар ажиллаж байсан. 1967 онд ХААУГ-ын зоо мал эмнэлгийн тасаг, 1972 онд Мал эмнэлгийн тасаг, 1995 онд аймгийн мал эмнэлгийн алба, ХАА сайдын 1998 оны тушаалаар аймгийн Мал эмнэлгийн газар, Мал үржлийн албыг нэгтгэн аймгийн Хөдөө аж ахуйн газар болгож бүтэц зохион байгуулалтыг өөрчлөлт хийсэн юм.
Орон
нутагт тулгарч буй ажлын шаардлага, мэргэжлийн албадын санал хүсэлтийн
дагу Хөдөө аж ахуйн Сайдын 1999 А/85
дугаар тушаалаар Хөдөө аж ахуйн газар, Үйлдвэр хөдөө аж ахуйн сайдын 2013 оны
А-170 дугаар тушаалаар Хүнс, хөдөө аж ахуй, жижиг дунд үйлдвэрийн газар, Хүнс,
хөдөө аж ахуйн сайдын 2015 оны А-18 тоот тушаалаар үйлдвэр, хөдөө аж ахуйн
газар, Хүнс, хөдөө аж ахуй хөнгөн үйлдвэрийн сайдын 2018 оны А-209 тоот тушаалаар
Хүнс, хөдөө аж ахуйн газар нэртэйгээр бүтэц
орон тоогоор зохион байгуулагдаж үйл ажиллагаа нь жигдэрч эхэлсэн.
Мал,
амьтны эрүүл мэндийн тухай хууль, Малын генетик нөөцийн тухай хуулиуд батлагдан
мөрдөгдөж эхэлсэнтэй холбогдуулан 2019
оны 1-р сарын 1-ний өдрөөс аймгийн Мал эмнэлгийн газар нь тусдаа бие даасан
бүтэц орон тоо бүхий шинээр агентлаг байгуулагдан ажиллаж эхэлсэн.
2019
оноос одоог хүртэл Хүнс, хөдөө аж ахуйн газар нь эрхлэх асуудлыхаа хүрээнд
Захиргаа аж ахуйн алба, Мал үржлийн алба, Үйлдвэр худалдаа үйлчилгээний алба,
Хяналтын алба 4 алба 22 орон тоотойгоор үйл ажиллагаагаа явуулж байна.
Мэргэжлийн
хяналтын газар татан буугдаж зарим чиг үүрэг Хүнс, хөдөө аж ахуйн газарт шилжин
ирсэнтэй холбогдуулан чиг үүргийн дагуу хяналтын албыг 2023 оноос эхлэн бүтцэд
шинээр нэмэгдсэн.
Хүнс,
хөдөө аж ахуйн газар нь “Хүнс, Хөдөө аж ахуй, Хөнгөн үйлдвэрийн салбарыг
тогтвортой төлөвшүүлэх замаар орон нутгийн эдийн засгийн өсөлтийг хангах”
зорилготойгоор үйл ажиллагаагаа хэрэгжүүлдэг бөгөөд тус газарт хэрэгжиж буй 50
гаруй хууль, Засгийн газар, УИХ-ын 20 гаруй тогтоолуудыг мөрдөгддөг. Швейцарын
хөгжлийн агентлагийн “Ногоон алт-Малын эрүүл мэнд” хөтөлбөрийг 2017-2020
оныг дуустал, “Зах зээл ба бэлчээрийн эрсдлийн удирдлага” төслийг 2018-2021
оныг дуусталх хугацаанд аймгийн хэмжээнд орон нутаг хариуцсан ажилтнуудтай
хамтарч амжилттай хэрэгжүүлэн ажилласан.
Мөн Азийн хөгжлийн банкны "Тэжээлийн тогтвортой менежмент" төсөл, Японы олон улсын хамтын ажиллагааны байгууллага ЖАЙКА төслөөс хэрэгжүүлж буй Ерөнхий боловсролын сургуулийн “Үдийн хоолны үйлдвэрлэлийг дэмжих" төсөл, Дэлхийн банкны МАА-ЭЗЭН төсөл, Азийн хөгжлийн банкны төсөл, Дэлхийн зөн Монгол олон улсын байгууллага, Шинэ хөдөө төсөл зэрэг гадаадын 10 гаруй төсөл, хөтөлбөрийн байгууллагуудтай хамтарч, орон нутгийн хөдөө аж ахуйн салбарыг хөгжүүлэхэд үр дүнтэй ажилласаар ирлээ. Тус байгууллага нь Уламжлалт болон эрчимжсэн хөдөө аж ахуй, орон нутгийн онцлогт тохирсон дэвшилтэд технологи бүхий үйлдвэрлэл үйлчилгээг хєгжүүлэн аймгийнхаа эдийн засгийн тогвортой өсөлтийг бий болгох зорилготойгоор үйл ажиллагаагаа хэрэгжүүлдэг бөгөөд тухайн салбарт хэрэгжиж буй 70 гаруй хууль, УИХ, Засгийн газрын 30 гаруй тогтоол, аймгийн ИТХ-аас баталсан 6 тогтоолыг мөрдөж орон нутагт хэрэгжүүлэн ажиллаж байна.